Tras recibir la llave de la ciudad de Brooklyn por salvar su hogar, Mario y Luigi disfrutan por primera vez de la vida como héroes. Pero la celebración no tarda en atraer a un viejo conocido: Wario, un antiguo compañero de trabajo que, cegado por la codicia, está dispuesto a todo con tal de robarles la gloria.
Lo que comienza como una disputa en la Tierra pronto se conecta con un peligro mayor: Bowser Jr., el hijo de Bowser, ha emergido en secreto y tomado el control del misterioso centro del universo, con un plan que amenaza con extender el imperio Koopa mucho más allá del Reino Champiñón.
Para detenerlo, los hermanos se embarcan en una travesía a través de mundos insólitos junto a Peach, Yoshi y la princesa Rosalina, que debe proteger a sus destellos ante de que sean consumidos por la oscuridad. Cada paso revela pruebas más peligrosas, y un mercado negro de estrellas prohibidas los llevará a enfrentarse con verdades que nunca imaginaron.
Pero no todo está en sus manos: siete cazadores Koopa de élite han sido liberados, uno para cada rincón de la galaxia, y su misión es simple… Asegurarse de que nadie pueda desafiar el nuevo orden que Bowser. Jr pretende levantar.
